贝加尔湖湖水澄澈清冽，且稳定透明（透明度达40.8m），为世界第二；其总蓄水量23600立方千米。在贝加尔湖周围，总共有大小336条河流注入湖中，最大的是色楞格河，而从湖中流出的则仅有安加拉河，年均流量仅为1870立方米每秒。贝加尔湖上风景秀美、景观奇特，湖内物种丰富，是一座集丰富自然资源于一身的宝库。湖中的动植物比世界上任何一个淡水湖里的都多，其中1083种还是世界上独一无二的特有品种。
最令科学家感兴趣的是生物的古老性，其中有很多西伯利亚其它淡水湖已绝迹的物种。贝加尔湖就其面积而言只居全球第九位，却是世界上最古老的湖泊之一（据考其历史已有2500万年）。
