瓜纳卡斯特自然保护区包括一系列的火山地区，其中最为著名的当属林孔-德拉别哈火山，该火山有3个火山坑、一个泻湖，最近一次观测到的火山喷发是在二十世纪七十年代，但是现在仍有一个火山坑一直在喷气，另外有32条河流、16只间歇泉发源于该火山附近地带。
瓜纳卡斯特自然保护区是世界上最重要的自然栖息地之一，这里保持了生物的多样性，包括有最好的旱地森林栖息地、从中美洲到墨西哥北部的生物群落以及主要的濒危植物和动物。这个地方的陆地和海岸环境对于生态学活动来讲是很重要的，包括有：进化、继续和恢复太平洋热带旱地森林；高地移殖、其他交互式的生物和生态活动、以及珊瑚虫群体和暗礁的上升和发展。
